D

$A$、“货运飞船”发射至预定轨道的过程中，“货运飞船”与地球之间有位置的变化，相对于地球是运动的，故$A$错误；
$B$、“货运飞船”发射至预定轨道的过程中，“货运飞船”与“三舱”之间有位置的变化，相对于“三舱”是运动的，故$B$错误；
$C$、以组合体形态运行时，“货运飞船”与“载人飞船”之间没有位置的变化，“货运飞船”相对于“载人飞船”是静止的，故$C$错误；
$D$、以组合体形态运行时，“货运飞船”与地球之间有位置的变化，“货运飞船”相对于地球是运动的，故$D$正确。
故选：$D$。