C

A、观察菜豆种子的结构，利用的是观察法，不需要对照实验，A错误；
B、调查校园里的植物种类属于调查法，无需设置对照实验，B错误；
C、探究“酒精对水蚤心率的影响”需要设置对照实验，变量是酒精的浓度，C正确；
D、通过有目的、有步骤的实验操作和观察、记录分析，发现或验证科学结论。生物进化的证据有化石证据、比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据，通过达尔文的比较、实验，确定化石是研究进化的主要证据，达尔文在研究生物进化时，采用的方法主要是比较法。。D错误
故选：C。