B

A、食物腐败变质是由于食物中的微生物繁殖生长引起的，食物中的微生物不会凭空产生，而是由空气中原有的细菌、真菌等微生物繁殖产生的．“微生物学之父”巴斯德通过鹅颈瓶实验验证了这一结论．因此将将甲、乙、丙三套装置中的肉汤用酒精灯煮沸的目的是将肉汤内的细菌、真菌杀死，排除其他细菌对实验的干扰．A正确
B、乙和丙有两个变量，有无细菌、真菌和温度，因此不能作为对照实验。B错误
C、试管甲中的肉汤会变质是因为可通过直玻璃管进入。C正确
D、通过设置温度这一变量，得出丙装置中的肉汤仍未变质的原因是低温抑制微生物（或细菌、真菌）的生长、繁殖．D正确
故选：B。