D

根据所学知识可知，元朝元世祖在中央设立中书省，由中书省掌管全国的行政事务；设枢密院负责全国的军事事务；设御史台负责监察事务。地方建立行省制度，不仅加强了中央集权，巩固了国家统一，而且对中国行政区划的变革产生了深远的影响，D正确；
郡县制是秦朝建立的制度，A不选；
刺史制度在西汉建立，B不选；
三省六部制是隋唐时期的制度，C不选。
故选：D。