C

$A$.原子中的质子数和中子数不一定相等，例如氢原子，质子数为$1$，中子数为$0$，故$A$正确；
$B$.繁多复杂的物质世界是由种类有限的元素组成的，目前发现的元素只有一百多种，却组成了数以千万计的物质，故$B$正确；
$C$.分子和原子都很小，但分子不一定比原子大，例如氢分子的质量和体积比一些原子（如铁原子）要小，故$C$错误；
$D$.原子得失电子变成离子后，质子数不变，元素种类不变，因为元素的种类是由质子数决定的，故$D$正确；
故选：$C$。