C

$A$、宏观上，物质是由元素组成的。微观上，物质是由分子、原子、离子构成的。故$A$说法错误；
$B$、氢原子核内没有中子，只有有一个质子，所以原子核中不一定含有中子。故$B$说法错误；
$C$、原子中质子数$=$电子数，所以原子不带电，原子得到或失去电子后，一定会变成带电的离子，离子是带电的原子或原子团。故$C$说法正确；
$D$、元素性质与原子核外电子的排布，特别是最外层上的电子数目有密切关系，因此决定元素化学性质的是最外层电子数。故$D$说法错误。
故选：$C$。