B

$-|-2|=-2 \lt 0$，是负数；
$-3.5 \lt 0$，是负数；
$-\left(-1\right)=1 \gt 0$，是正数；
$0$既不是正数，也不是负数；
$-25\% \lt 0$，是负数；
$\therefore$负数有$-|-2|$，$-3.5$，$-25\%$，共$3$个.
故选：$B$.