C

A、任何生物体，无论是单细胞还是多细胞，都需要排出代谢过程中产生的废物以维持内部环境的稳定。眼虫作为单细胞生物，同样具有这一基本生命特征，A不正确。
B、眼虫是单细胞生物，其鞭毛并不是由细胞分化产生的，而是细胞的一部分特化形成的结构，用于运动，B不正确。
C、眼虫是一种具有叶绿体的单细胞生物，这意味着眼虫能够进行光合作用，制造有机物，C正确。
D、眼虫作为单细胞生物，并没有复杂的神经系统结构，D不正确。
故选：C。