A

$A$、原子论和分子学说的创立，是认识和分析化学现象及本质的基础，奠定了近代化学的基础，使化学逐渐发展为一门学科，故选项正确。
$B$、空气成分的研究，不是奠定了近代化学的基础，没有使化学逐渐发展为一门学科，故选项错误。
$C$、冶金工业的成熟，不是奠定了近代化学的基础，没有使化学逐渐发展为一门学科，故选项错误。
$D$、元素周期律的发现，使化学的学习和研究变得有规律可循，不是奠定了近代化学的基础，没有使化学逐渐发展为一门学科，故选项错误。
故选：$A$。