D

设$\triangle ABC$的面积为$S$，边$BC$上的高为$h$，
$\because \triangle ABC$≌$\triangle DEF$，$BC=6$，$\triangle DEF$的面积为$18$，
$\therefore$两三角形的面积相等即$S=18$，
又$S=\frac{1}{2}\cdot BC\cdot h=18$，
$\therefore h=6$，
故选：$D$.