C

$A$、张青莲测定了铟、铱、铕等原子的相对原子质量的新值，为相对原子质量的测定做出了卓越贡献，故选项说法正确。
$B$、拉瓦锡用定量的方法测定了空气的成分，首先通过实验得出空气是由氮气和氧气组成的结论，故选项说法正确。
$C$、古代的炼丹术并没有违背自然科学，对化学发展是有一定贡献的，故选项说法错误。
$D$、门捷列夫在化学上的主要贡献是发现了元素周期律，并编制出元素周期表，故选项说法正确。
故选：$C$。