C

$A$、道尔顿在化学上的主要贡献是提出了原子学说，故选项错误。
$B$、波义耳写了《怀疑的化学家》一书，故选项错误。
$C$、屠呦呦发现并提取了有效治疗疟疾的青蒿素，因其在中草药成分研究领域的杰出贡献而获得诺贝尔生理学或医学奖，故选项正确。
$D$、闵恩泽是中国炼油催化应用科学的奠基者，研发了多种用于石油化工生产的催化剂；徐光宪提出了稀土分离的全新理论，被誉为“中国稀土之父”，故选项错误。
故选：$C$。