C

$A$、仿生骨骼复合材料的研究，属于制造新的材料，属于化学研究的内容，故$A$错；
$B$、燃烧科学柜进行的点火测试，属于研究物质的性质，属于化学研究的内容，故$B$错；
$C$、“神舟十八号”载人飞船轨道设计与控制，属于物理研究的内容，故$C$正确；
$D$、应急呼吸装置在轨测试，不属于化学研究的内容，故$D$错。
故选：$C$。