B

$A$、门捷列夫在化学上的主要贡献是发现了元素周期律，并编制出元素周期表，故选项错误。
$B$、道尔顿在化学上的主要贡献是提出了原子学说；阿伏加德罗在化学上的主要贡献是提出了分子的概念，并创立了分子学说；故选项正确。
$C$、$1897$年英国科学家汤姆生发现了电子，故选项错误。
$D$、拉瓦锡首先通过实验得出空气是由氮气和氧气组成的结论，故选项错误。
故选：$B$。