A

$A$、原子论和分子学说的创立，是认识和分析化学现象及本质的基础，是奠定了近代化学基础的理论，是化学开始成为一门独立的科学的基础，故选项正确。
$B$、门捷列夫发现元素周期律和编制元素周期表，使化学的学习和研究变得有规律可循，不是奠定近代化学基础的理论，故选项错误。
$C$、绿色化学概念的提出，有利于减少污染，不是奠定近代化学基础的理论，故选项错误。
$D$、冶铜、炼铁、制陶瓷、造纸、制黑火药等技术的出现，改善了人类的生产、生活条件，不是奠定近代化学基础的理论，故选项错误。
故选：$A$。