D

$A$、$1897$年，英国物理学家汤姆森发现电子，人类开始揭开原子内部结构的秘密，故选项错误；
$B$、拉瓦锡首先通过实验得出空气是由氮气和氧气组成的结论，故选项错误；
$C$、道尔顿在化学上的主要贡献是提出了原子学说，故选项错误；
$D$、门捷列夫在化学上的主要贡献是发现了元素周期律，并编制出元素周期表，故选项正确；
故选：$D$。