设两地间的实际距离是$x cm$，
$\because$比例尺为$1:1000000$，量得两地间的距离为$3.5cm$，
$\therefore \frac{1}{1000000}=\frac{3.5}{x}$，
解得：$x=3500000$，
$\because 3500000cm=35km$，
$\therefore$两地间的实际距离是$35$千米，
故答案为：$35$.

设两地间的实际距离是$x cm$，
$\because$比例尺为$1:1000000$，量得两地间的距离为$3.5cm$，
$\therefore \frac{1}{1000000}=\frac{3.5}{x}$，
解得：$x=3500000$，
$\because 3500000cm=35km$，
$\therefore$两地间的实际距离是$35$千米，
故答案为：$35$.