B

$A$、化学是一门以实验为基础的学科，学习化学的一个重要途径是科学探究，实验是科学探究的重要手段，所以正确。
$B$、化学不仅研究自然界中已存在的物质及其变化，还要根据需要研究和创造自然界中不存在的新物质，所以错误。
$C$、物质的性质上由物质的结构和组成决定，物质的用途在很大程度上取决于物质的性质，所以正确。
$D$、原子论和分子学说的观点是认识和分析化学现象及本质的基础，它的创立，奠定了近代化学的基础，所以正确。
故选：$B$。