D

$A$、乒乓球在$A$点时高度最高，具有重力势能最大，机械能最大，故$A$错误；
$B$、$B$点到$C$点过程中，乒乓球质量不变、高度减小，重力势能减小，有部分重力势能只转化为内能，故$B$错误；
$C$、$B$点和$D$点在同一高度，则重力势能相等；但由于阻力作用，从$B$点到$D$点运动的过程中，部分机械能会转化为内能，所以$B$点的机械能大于$D$点的机械能；由于机械能等于动能和重力势能的总和，则$B$点的动能大于$D$点的动能，故$C$错误；
$D$、$C$点乒乓球的机械能比$D$点大，图中四点中$D$点乒乓球的机械能最小，故$D$正确。
故选：$D$。