C

$\because -a$表示负数可能表示正数、负数或$0$，
$\therefore$语句①符合题意；
$\because 0.050$精确到千分位，
$\therefore$语句②符合题意；
$\because$③$-\frac{3πxy}{5}$的系数是$-\frac{3π}{5}$，
$\therefore$语句③不符合题意；
$\because a^{2}+2ab+1$是二次三项式，
$\therefore$语句④符合题意；
$\because$若$|x|=x$，则$x\geqslant 0$，
$\therefore$语句⑤符合题意；
$\because a-b$和$\frac{xy}{2}$都是整式，
$\therefore$语句⑥不符合题意；
故选：$C$.