D

根据题干中的“强调……祖源、血统”“强调儒家传统所奠定的道德文化秩序才是判别中华民族的标准”并结合所学可知，以孙中山为首的资产阶级革命派提倡“驱逐鞑虏，恢复中华”，主张“排满”，康有为则强调儒家传统所奠定的道德文化秩序才是判别中华民族的标准，以这个标准来判断清政府和满族也是认同儒家文化的，由此可知，双方争议的源头在于是否坚持“排满”，故D符合题意；革命派和维新派都属于资产阶级，不存在阶级属性差异，虽然发展水平不尽相同，但都主张改革政治制度，所以资本主义的发展水平不是双方争议的源头，阶级属性存在差异表述错误，排除AB；材料没有提及革命派对儒家文化的认可度，但根据所学可知，革命派也是认同儒家文化的，所以对儒家文化的认可度也不是双方争议的源头，排除C。
故选：D。