C

$A$、研究新型合金的组成，属于物质的组成，属于化学研究的范畴，故$A$不符合题意；
$B$、研究新型化学电池的开发，属于研究新的物质，属于化学研究的范畴，故$B$不符合题意；
$C$、研究病毒的结构，属于生物学研究的内容，不属于化学研究的范畴，故$C$符合题意；
$D$、研究减少和处理“三废”（废渣、废水和废气）排放，属于应用化学知识保护环境，属于化学研究的范畴，故$D$不符合题意。
故选：$C$。