B

$\because \triangle ABC$为等腰三角形，
$\therefore$可有$AC=AB=3$或$BC=AC=4$，
当$AC=AB=3$时，$\triangle ACD$的三边长分别为$2$，$2$，$3$，符合题意；
当$BC=AC=4$时，$\triangle ACD$的三边长分别为$2$，$2$，$4$，
$\because 2+2=4$，
$\therefore$不能构成三角形，不符合题意.
综上所述，对角线$AC$的长为$3$.
故选：$B$.