B

①$0$不是最小的整数，还有负整数，故此项不符合题意；
②在数轴上$7$与$9$之间的有理数有无数个，故此项不符合题意；
③若$a+b=0$，则$a$、$b$互为相反数，正确，故此项符合题意；
④有理数相减，差不一定小于被减数，正确，故此项符合题意；
⑤两数相加，和一定大于加数错误，如$\left(-2\right)+5=3$，而$3 \lt 5$，故此项不符合题意；
⑥有理数分为正有理数、负有理数和$0$，故此项不符合题意.
故选：$B$.