B

$A$、元素周期律的发现，使化学的学习和研究变得有规律可循，不是奠定近代化学基础的理论，故选项错误。
$B$、原子论和分子学说的创立，是认识和分析化学现象及本质的基础，是奠定了近代化学基础的理论，故选项正确。
$C$、绿色化学概念的提出，是现代化学理念，不是奠定近代化学基础的理论，故选项错误。
$D$、青铜器、黑火药的使用，改善了人类的生活、生存条件，不是奠定近代化学基础的理论，故选项错误。
故选：$B$。