C

消化道自上而下依次是：口腔、咽、食道、胃、小肠、大肠和肛门；消化腺有唾液腺、胃腺、肝脏、肠腺和胰腺。所以，一位同学吃西瓜时，将一粒西瓜籽咽了下去，西瓜籽的路线是：口腔→咽→食道→胃→小肠→大肠→肛门，C正确。
故选：C。