设$A$、$B$两地的实际距离是$x$厘米，
$\because$比例尺为$1:1000000$，$A$、$B$两地的图上距离是$4.2$厘米，
$\therefore \frac{1}{1000000}=\frac{4.2}{x}$，
解得：$x=4200000$，
经检验$x=4200000$是原分式方程的解，
$\because 4200000$厘米$=42$千米，
$\therefore A$、$B$两地的实际距离是$42$千米.
故答案为：$42$.

设$A$、$B$两地的实际距离是$x$厘米，
$\because$比例尺为$1:1000000$，$A$、$B$两地的图上距离是$4.2$厘米，
$\therefore \frac{1}{1000000}=\frac{4.2}{x}$，
解得：$x=4200000$，
经检验$x=4200000$是原分式方程的解，
$\because 4200000$厘米$=42$千米，
$\therefore A$、$B$两地的实际距离是$42$千米.
故答案为：$42$.