A

$A$、波义耳发现了酸碱指示剂，故选项正确。
$B$、门捷列夫在化学上的主要贡献是发现了元素周期律，并编制出元素周期表，故选项错误。
$C$、道尔顿在化学上的主要贡献是提出了原子学说，故选项错误。
$D$、拉瓦锡首先通过实验得出空气是由氮气和氧气组成的结论，故选项错误。
故选：$A$。