$\because$在比例尺为$1:1000000$的地图上甲地到乙地的距离是$5$厘米，
$\therefore$甲乙两地的实际距离是：$5\div \frac{1}{1000000}=5000000$厘米$=50$千米.
故答案为$50$.

$\because$在比例尺为$1:1000000$的地图上甲地到乙地的距离是$5$厘米，
$\therefore$甲乙两地的实际距离是：$5\div \frac{1}{1000000}=5000000$厘米$=50$千米.
故答案为$50$.