B

$A$、$1897$年，汤姆生发现了电子，故选项错误。
$B$、门捷列夫在化学上的主要贡献是发现了元素周期律，并编制出元素周期表，故选项正确。
$C$、阿伏加德罗在化学上的主要贡献是提出了分子的概念，并创立了分子学说，故选项错误。
$D$、道尔顿在化学上的主要贡献是提出了原子学说，故选项错误。
故选：$B$。