C

$\because$点$A$，$B$表示的数的绝对值相等，
$\therefore$线段$AB$中点为原点，
则点$A$到原点为$3$个单位长度，
$\because$数轴的单位长度为$2$，
$\therefore$点$A$表示的数为$-3\times 2=-6$，
故选：$C$.