C

$A$、阿伏加德罗等科学家得出结论：分子中原子的重新组合是化学变化的基础，创立了分子学说，故$A$选项正确；
$B$、拉瓦锡用加热金属汞的实验证明氧气约占空气总体积的$\frac{1}{5}$，得出了空气是由氮气和氧气组成的结论，故$B$选项正确；
$C$、道尔顿在化学上的主要贡献是提出了近代原子学说，故$C$选项错误；
$D$、门捷列夫在化学上的主要贡献是发现了元素周期律，并编制出元素周期表，故$D$选项正确；
故选：$C$。