A

$A$、化学不仅研究自然界已经存在的物质，还研究未知的物质，故选项说法错误；
$B$、化学是在分子、原子层次上研究物质的性质、组成、结构与变化规律的科学，故选项说法正确；
$C$、化肥可以增加粮食的产量，化学可以研发生产化肥，故选项说法正确；
$D$、绿色化学使更多的化学生产工艺和产品向着环境友好的方向发展，故选项说法正确。
故选：$A$。