C

$A$.研制开发疫苗，属于新物质的研制，属于化学研究的范畴，故$A$错误；
$B$.开发新能源，属于能源的开发，属于化学研究的范畴，故$B$错误；
$C$.开发卫星定位系统，属于物理学研究的范畴，故$C$正确；
$D$.合成新材料，属于新物质的研制，属于化学研究的范畴，故$D$错误。
故选：$C$。