设线段$x$是线段$a$，$b$的比例中项，
$\because a=4$，$b=9$，
$\therefore \frac{a}{x}=\frac{x}{b}$，
$\therefore x^{2}=ab=4\times 9=36$，
$\therefore x=\pm 6$，$x=-6(舍去)$。
故答案为：$6$.

设线段$x$是线段$a$，$b$的比例中项，
$\because a=4$，$b=9$，
$\therefore \frac{a}{x}=\frac{x}{b}$，
$\therefore x^{2}=ab=4\times 9=36$，
$\therefore x=\pm 6$，$x=-6(舍去)$。
故答案为：$6$.