B

$A$、物体的重力$G=mg=40kg\times 10N/kg=400N$；
克服物体重力做的功为有用功，所以$W_{有}=Gh=400N\times 5m=2000J$，故$A$错；
$B$、使用动滑轮时，通过动滑轮绳子段数$n=2$，则$s=2h$，
小军拉力做的功为总功，所以$W_{总}=Fs=F\times 2h=250N\times 2\times 5m=2500J$，
额外功：$W_{额}=W_{总}-W_{有用}=2500J-2000J=500J$，故$B$正确；
$C$、动滑轮的机械效率：$\eta =\frac{{W}_{有}}{{W}_{总}}=\frac{2000J}{2500J}=80\%$，故$C$错；
$D$、小军的功率$P=\frac{{W}_{总}}{t}=\frac{2500J}{10s}=250W$，故$D$错。
故选：$B$。