D

$A$、$1897$年，汤姆森发现了电子，故选项说法正确。
$B$、卢瑟福发现了原子核，故选项说法正确。
$C$、门捷列夫在化学上的主要贡献是发现了元素周期律，并编制出元素周期表，故选项说法正确。
$D$、波义尔发现了酸碱指示剂，故选项说法错误。
故选：$D$。