D

$A$、电子是汤姆森（不是卢瑟福）发现的，故$A$错误；
$B$、门捷列夫在化学上的主要成就是发现了元素周期律（不是原子学说），并编制出元素周期表，故$B$错误；
$C$、科学家波义耳（不是拉瓦锡）发现了酸碱指示剂，故$C$错误；
$D$、屠呦呦发现并提取了青蒿素，因研究青蒿素获诺贝尔奖，故$D$正确；
故选：$D$。