C

$\because$长度分别为$2$，$3$，$x$，$6$的四条线段是成比例线段，
$\therefore$当$2:3=x:6$时，$x=4$；
当$2:6=x:3$时，$x=1$；
当$3:2=x:6$时，$x=9$；
综上所述，$x$的值为$1$或$4$或$9$.
故选：$C$.