A

$A$、“天问一号”飞行轨迹的追踪，是物理学研究的范畴，故选项正确。
$B$、人类战胜新冠疫情所需药物的研发，属于研究、制取新物质，属于化学研究的范畴，故选项错误。
$C$、人类对生态环境和自然资源的综合利用，属于利用化学保护环境和综合利用自然资源，化学研究的范畴，故选项错误。
$D$、农业上粮食高产所需化肥的生产，属于研究、制取新物质，属于化学研究的范畴，故选项错误。
故选：$A$。