B

$A$、$-\left(-3\right)=3$，是正数，故$A$选项错误；
$B$、$-3^{2}=-9$，是负数，故$B$选项正确；
$C$、$\left(-3\right)^{2}=9$，是正数，故$C$选项错误；
$D$、$|-3|=3$，是正数，故$D$选项错误.
故选：$B$.