D

$A$、中华人民共和国国歌的标准时间是$46$秒，所以播放完一首国歌用时约$50s$，而不是$5\min$，故$A$错误；
$B$、彩旗手手中的旗杆高度约为$3m$，故$B$错误；
$C$、运动会当天气温舒适，感觉舒适的温度在$23^{\circ}\mathrm{C}$左右，故$C$错误；
$D$、$100m$短跑运动员冲刺时的速度约为$4km/h$，故$D$正确。
故选：$D$。