B

$A$、宇宙飞船飞行轨道设定，属于物理学研究的内容，故$A$错误；
$B$、农田病虫害防治，需要研制新农药，属于研究、制取新物质，属于化学研究的范畴，故$B$正确；
$C$、克隆羊多莉，属于生物学研究的内容，不属于化学研究的范畴，故$C$错误；
$D$、“嫦娥二号”采集月球地形数据，绘制地貌，属于地理学研究的内容，不属于化学研究的范畴，故$D$错误；
故选：$B$。