B

连接$AD$，过点$C$作$CG\bot AB$，垂足为$G$，

$\because \triangle ABC$的面积为$36$，$AB=AC=8$，
$\therefore \frac{1}{2}AB\cdot CG=36$，
$\therefore CG=9$，
$\because DE\bot AB$，$DF\bot AC$，
$\therefore \triangle ABD$的面积$+\triangle ACD$的面积$=\triangle ABC$的面积，
$\therefore \frac{1}{2}AB\cdot DE+\frac{1}{2}AC\cdot DF=\frac{1}{2}AB\cdot CG$，
$\therefore DE+DF=CG=9$，
$\because DF=2DE$，
$\therefore DE=3$，
故选：$B$.