D

$A$、一元硬币的质量约$6g$，故$A$错误；
$B$、日光灯管的长约为$0.8m$，故$B$错误；
$C$、初中男生跑完$1000$米约需要$3.5$分钟左右，故$C$错误；
$D$、完整做一遍眼保健操的时间为$5$分钟，故$D$正确；
故选：$D$。