C

$A$、分子的直径极小，通常用$10^{-10}m=0.1nm$来量度，故$A$错误；
$B$、矿石能被染成各种颜色，是因为分子之间有间隙，且分子在永不停息地做无规则运动，故$B$错误；
$C$、薰石发出香味是因为薰石中的香味分子是在不断运动的，分子的扩散使人们闻到薰石的香味，故$C$正确；
$D$、分子的热运动与温度有关，当周围环境温度升高时，香薰石的分子无规则运动越剧烈，发出的香气浓度将更大，故$D$错误。
故选：$C$。