B

用显微镜进行观察时，视野中出现了污点，污点的位置只有三种可能：目镜、物镜或玻片标本，判断的方法是转动目镜或移动玻片。转动目镜污点动就在目镜，不动就不在目镜；移动玻片，污点移动就在玻片，不动就不在玻片；如果不在目镜和玻片，那就一定在物镜上。所以某同学用显微镜观察番茄果肉细胞标本时发现视野中出现了一个污点，他先转动目镜，污点不动，后移动玻片，污点也不动，则这个污点可能在物镜上。
故选：B。