A

①单质是指由同种元素组成的纯净物，这里的关键是“纯净物”，即只由一种物质组成，只含有一种元素的物质，如果不满足纯净物的条件（比如氧气和臭氧的混合物，虽然只含有氧元素，但它是混合物），那么它就不是单质，故推理①错误；
②化合物是由不同种元素组成的纯净物，所以，如果有一个纯净物是由不同种元素组成的，那么它一定是化合物，故推理②正确；
③离子是带电的粒子，但带电的粒子不一定是离子，例如，电子也是带电的粒子，但它不是离子，故推理③错误；
④化学变化伴随着能量的变化，但有能量变化的不一定是化学变化，例如，水蒸发时会吸收热量，这是一个物理变化，但它也伴随着能量的变化，故推理④错误；
⑤化学变化的实质是分子的破裂和原子的重新组合，形成新的分子，所以，如果分子种类发生了变化，那么一定发生了化学变化，故推理⑤正确；
⑥某气体不能使带火星的木条复燃，并不意味着该气体一定不含氧气，例如，空气中的氧气含量虽然足以支持燃烧，但不足以使带火星的木条复燃，故推理⑥错误；
推理正确的是：②⑤；
故选：$A$。