B,C,D

$A$、分子是保持物质化学性质的一种微粒，物质的分子不同，则化学性质不同，构成$H_{2}O$和$H_{2}O_{2}$的分子结构不同，所以化学性质不同，故$A$正确；
$B$、同种元素的原子所含质子数相同，含有相同质子数的微粒不一定属于同种元素，例如氨气分子和水分子它们含有相同的质子数，但不是属于同种元素，故$B$错误：
$C$、阳离子是带正电的粒子，但带正电的粒子不一定是阳离子，例如质子带正电，但它不属于阳离子，故$C$错误；
$D$、单质只含一种元素，只含一种元素的物质是不一定是单质，可能是混合物，例如红磷和白磷的混合物，故$D$错误。
故选：$BCD$。