B

$A$.单质是由同种元素组成的纯净物，如果这里的氟和硒指的是单质，那么牙膏里就会有氟气这种单质，大米里就会有硒这种单质，氟气是一种非常活泼的气体，有剧毒，不可能直接添加到牙膏中；硒单质也不适合直接添加到大米中，故$A$错误；
$B$.元素是具有相同核电荷数（即质子数）的一类原子的总称，“含氟牙膏”中的氟是指氟元素，氟元素可以以化合物的形式存在于牙膏中，起到保护牙齿的作用；“富硒大米”中的硒是指硒元素，硒元素以化合物的形式存在于大米中，对人体健康有益，故$B$正确；
$C$.原子是化学变化中的最小粒子，如果说这里是原子，就不太能准确表达出牙膏和大米中这些成分的宏观意义，因为我们强调的是这些物质中含有特定的元素，而不是单独的原子，故$C$错误；
$D$.离子是带电的原子或原子团，这里说氟和硒是离子也不准确，因为我们是从宏观上描述这些物质中含有特定的元素，而不是强调它们以离子的形式存在，故$D$错误；
故选：$B$。